cocos2dのウェブ版としてcocos2d-jsというものがあるが、cocos2d-html5という名前のものもあって同じものだと思っていたがどうも若干違うらしい。cocos2d-html5で検索するとjs版のページがヒットするのも紛らわしい。
cocos2d-jsとは？
Cocos2d-xエンジンのJavascriptバージョンで、Cocos2d-xの機能を完全にサポートする。さらにjavascript版のliteバージョンも存在する。Cocos2d-htmlとCocos2d-JSBを含む。クロスプラットフォームに対応する。
Cocos2d-html5とは？
Cocos2d-html5はウェブ用の純粋なJavascriptエンジンで実行されウェブブラウザのみ対応する。ウェブアプリ限定のためサイズは小さい。
どれを使うべきか？
この記事を書いている段階でまだ完全に理解できていない。基本的にはどちらもjavascriptでロジックは記述するので共通しているが、ライブラリなどの参照の仕方に違いがあると思われる。よくわからない場合は、Cocos2d-html5のフレームワークをダウンロードして開発するのがいいと思う。