http://oshiete1.goo.ne.jp/qa3056850.html
僕も昔同じような状況になったことがあります。
僕の場合、アメリカのAdobeサイトからFlashPaper2の体験版(体験版といってもContribute3のライセンスがあるので普通に動きます)をダウンロードしてインストールすれば動くようになりました。下記URLよりダウンロードページ進みます。(要登録)
https://www.adobe.com/cfusion/tdrc/index.cfm?product=flashpaperただ僕の場合は再インストールして偶然直った可能性もありますので参考程度に。。(やってみる価値はあると思います。
全く同じ状況になってしまった。新たにインストールし直したらpdfとswfファイルを出力できるようになった。