http://oshiete1.goo.ne.jp/qa3056850.html
僕も昔同じような状況になったことがあります。
僕の場合、アメリカのAdobeサイトからFlashPaper2の体験版（体験版といってもContribute3のライセンスがあるので普通に動きます）をダウンロードしてインストールすれば動くようになりました。下記URLよりダウンロードページ進みます。（要登録）
https://www.adobe.com/cfusion/tdrc/index.cfm?product=flashpaperただ僕の場合は再インストールして偶然直った可能性もありますので参考程度に。。（やってみる価値はあると思います。
全く同じ状況になってしまった。新たにインストールし直したらpdfとswfファイルを出力できるようになった。
私も同じ方法をとりました。これによって、WordやExcelの出力ができました。
方法：まず、アンケートを記入します。
次、登録したE-Mailボックスを開いて、試用版をダウンロードします。
そして、上書きインストールします。
さらに、PCマシン再起動します。
最後、FlashPaperを使い、出力ができます。